От того, куда вам удобнее добираться, и выбирайте старт-финиш. Если закончить круиз в Асуане, то ехать придется назад на автобусе в
Хургаду ночь.На кораблике наверное, получше, поэтому может вкруговую и есть смысл купить круиз
Луксор-Асуан-Луксор, из Хургады в Луксор ближе.
Или начать с Асуана: вечером из Хургады выехать на ночной автобус, день посвятить осмотру Асуана, потом проплыть по Нилу, посмотреть день-два Луксор и вернуться автобусом в Хургаду.